In urma cu cativa ani, localurile erau „high tech, top notch” facilitati de productie a vaccinurilor, explica Bragstad. Toate aceste localuri erau sub umbrela FHI.
– Dar, cu cativa ani inainte de pandemie, a fost decis ca producerea vaccinurilor in Norvegia nu era avantajoasa. Si, atunci s-au oprit, spune ea.
Azi, laboratoarele sunt cartierul general pentru supravegherea virusilor la nivel national. Din toata tara, laboratoarele regionale trimit probe pozitive pentru analiza la FHI.
Bragstad este cercetator senior si sef de departament la Departamentul pentru Influenza si alte boli ale cailor respiratorii, din cadrul FHI.
La parter: „Camera polio”
Prima oprire este zona de receptie a probelor, care se afla la parter. Aici sunt verificate probele primite, printre altele se verifica daca sunt etanse.
– Peste cateva minute vine sigur un curier. Apoi incepe sa curga cu probe de analiza si incepe activitatea din plin, spune Bragstad.
Pe o placuta pe usa, cuvintele „PERICOL DE CONTAMINARE” lumineaza spre noi sub un triunghi de avertizare cu semnul international „Biohazard”. Dagbladet intra in incapere.
– Toate probele trimise la supraveghere nationala din toata Norvegia, intra in institut prin zona de receptie de aici. Nu doar virusul corona. Nu trece de linia galbena! spune Bragstad.
Rafturile de pe perete sunt etichetate cu bilete.
In centrul de receptie a probelor nu sunt aparate, doar o tejghea cu vitrine de stivla si o deschizatura pentru a putea introduce mana. Verificarile se fac manual.
– Aici se lucreaza la o asa-numita masa de infectii. Probele pot avea scurgeri si vorbim de material contagios. Cei care lucreaza aici sunt imbracati in echipament de protectie iar probele ajung aici pe tejghea. Acolo se verifica fiecare recipient si se eticheteaza pentru analiza.
La etajul unu
Analiza in sine se face la etaj. Reporterii Dagbladet trebuie sa imbrace costume rosii de protectie si protectie pentru incaltaminte, inainte sa ni se dea voie sa intram.
– Faptul ca suntem rosii inseamna ca suntem „oaspeti”, explica Bragstad.
Aici, Institutul pastreaza o serie de virusi contagiosi. Dar nu pe cei mai periculosi.
– Virusii de mare pericol sunt pastrati intr-un laborator de inalta securitate. Acolo nu avem acces sa intram, spune Bragstad.
– Deci nu aici pastrati antrax-ul?
– Ehmm. Nu… Nu tocmai aici – daca avem antrax, atunci e in laboratorul de inalta securitate, spune Bragstad.
Trecem printr-o usa si intram intr-un coridor. In spatele plexiglasului din perete vedem activitate din plin. Patru ingineri de laborator lucreaza de zor, fiecare la locul lui. Sorteaza recipienti si rasfoiesc hartii.
– Acum au ajuns probele sus in laborator. Aici sunt sortate si extrase, cum spunem noi.
Scos din manta
Inainte ca expertii sa poata analiza virusul mai bine, trebuie sa „extraga” materialul genetic al virusului.
– Trebuie sa facem asta pentru a putea efectua analizele mai departe. Insusi virusul este distrus, dar materialul genetic – ARN-ul – este extras. Fara a distruge virusul nu putem face nimic. Materialul genetic este incapsulat in virus, in ceea ce noi numim o „manta”.
Toti cei care au lucrat anterior in laborator la supravegherea virusului influenza, au trebuit acum sa treaca la a lucra tot timpul cu corona, explica Bragstad.
– In plus a trebuit sa mai aducem si alti specialisti care, de altfel, lucreaza cu cu totul altfel de virusi sau bacterii. Noi suntem un laborator de referinta pentru influenza si SARS-CoV-2, sau „virus corona cu potential puternic de diseminare”. Este valabil si pentru MERS si, desigur, si pentru vechiul SARS, in cazul in care acesta ar aparea din nou.
Coridoare inguste
Corona are o prima prioritate, atat pentru spitale cat si pentru FHI.
– Laboratoarele sunt nevoite sa faca prioritizari. Dar ele testeaza acum pentru influeza mai mult decat inainte. Mai multe virusuri sunt incluse intr-un pachet pentru caile respiratorii, deci se fac teste pentru ambele. De fapt, nu am mai testat niciodata atat de mult pentru influenza, cum am facut pana acum in pandemie.
Probele vin de la etajul inferior in „racks” (stative). Bragstad arata spre o cutie de plastic, aparent normala, etichetata cu „INFLUENZA”.
– Aici vine virusul in sine. Apoi se extrage ARN-ul si se trimite la etajul superior.
Reporterii Dagbladet si Bragstad merg pe coridorul ingust pana dupa colt si intra intr-un alt coridor care nu are mai mult de o jumatate de metru latime.
De-aici vedem un inginer care sorteaza probele de ARN manual, iar apoi le plaseaza la rand pentru secventierea genomului. In spatele a inca unui geam sunt aparatele care fac munca de baza si extrag ARN-ul din probele de virus.
Virus imbracat in blana
Pe capacul unitatii stationare a calculatorului din biroul sau de la etajul doi, Bragstad are o figura de plus a virusului corona.
– Asta e mascota, spune ea si rade.
Etajul al doilea este statia finala pentru probele de virus. Aici sunt analizate cu ajutorul secventierii genomului sau prin diferite metode de screening.
Reporterii Dagbladet sunt indrumati spre o incapere etichetata cu „NGS Hovedlab” NGS este prescurtarea pentru Next Generation Sequencing.
– Cand materialul genetic al virusului a fost procesat, ajunge aici. Aici, virusurile sunt pregatite pentru … din pacate nu poti merge mai departe, nu suntem incaltati cu incaltamintea potrivita… spune Bragstad.
Probele stau la rand, aliniate – atat in eprubete cat si in „placi de 96” ca sa fim mai exacti.
De aici, expeditia continua mai departe spre aparate. De-a lungul unui coridor ajungem la incaperea denumita „NGS Instrumenter”.
– Aici avem aparatele mari care fac secventierea intregului genom. Asta inseamna ca te uiti la intreg materialul genetic al virusului. Cand faci un test PCR, faci de fapt doar o mica copie a unui fragment al virusului pentru a o analiza.
Secventa completa
Zgomotul produs de aparate se aseamana cu cel al unui aspirator.
– Acestea sunt niste aparate care folosesc timp. Tot procesul legat de secventierea genomului cere atat timp cat si resurse. Asta e gata. Aici putem vedea ca secventierea este completa.
Bragstad arata spre un tabel in culori pe unul din monitoarele unuia dintre aparate.
– Cum poti vedea ca e gata?
– Pentru ca sta scris acolo, spune Bragstad, si arata spre cuvintele „Sequencing complete” care sunt scrise deasupra tabelului.
In incapere sa afla mai multe aparate care, toate, fac secventieri la turatie maxima.
– Nu doar virusul SARS-CoV-2 este secventiat aici. Tot ce se secventiaza la FHI trece prin aceste aparate. Apoi mai avem un partener extern la Spitalul Universitar din Oslo (OUS), Norwegian Sequencing SCenter, care secventiaza o mare parte din probele noastre pentru a ne ajuta cu capacitatea, spune Bragstad.
Dintr-o parte vine la noi inginerul sef de la FHI, Rasmus Kopperud Riis. El este persoana potrivita pentru a descifra simbolurile de pe monitorul celui mai rapid aparat de secventiere, conform lui Bragstad.
– Totul e mort aici, acum. Nimic nu palpaie, in orice caz, constata el dupa ce a aruncat o privire pe monitor.
Monitorul arata un tabel care este format din patrate de culoare verde-deschis.
– Cand avem o secventiere activa, acesti pori, reprezentati prin patrate, devin verzi. Fiecare patrat verde va arata o secventiere a unui fragment din virusul SARS-CoV-2.
– Si atunci ai recunoaste din nou o anumita constelatie de patrate verzi…?
– Nu, nu vezi asta aici. Ar fi fost la fel pentru toate secventierile, indiferent de agent.
– Dar ce ti-ar spune un patrat verde?
– Imi spune doar ca secventiaza „ceva” – un fragment de ADN sau de ARN. Dar nu ce anume – asta trebuie sa facem la un moment dat mai tarziu, in analiza care urmeaza.
La capatul coridorului este montata o pictura cu raze de soare care patrund printre copacii unei paduri. In stanga este o incapere mica. Aici se proceseaza probele de cofirmare PCR si screeninguri cu variante PCR.
– Nu le folosim pentru diagnoze, ci pentru a vedea ce cantitate de virus se afla in proba pe care urmeaza sa o secventiem sau care urmeaza sa fie supusa unui screening pentru variante ale virusului, spune Bragstad.
Vanatoarea de litere
Inapoi in birou, Bragstad deschide un fisier Excel plin cu litere de diferite culori.
– Astea toate sunt omicron, spune ea.
ATCTGTTCTCTAAACGAA …
– Este destul de usor de recunoscut ca fiind secvente genetice. Sunt toate nucleotidele, care pur si simplu codeaza comportamentul virusului si proprietatile acestuia. Fiecare coloana orizontala este o proba si fiecare linie in jos este o positie din materialul genetic.
Ceea ce cauta Bragstad,, sunt modificarile din materialul genetic. O linie in care una din litere se difera de celelalte.
– O foarte mare parte este identica. Dar, ca aici, de exemplu, se vede o mutatie clara.
Bragstad arata spre un „T” pe monitor.
– Aici e un virus care are o mutatie care este altfel decat ce avem pana acum. Dar toate virusurile fac mutatii tot timpul, deci nu trebuie sa insemne mare lucru.
Cand esti infectat, se fac milioane de copii ale virusului in corpul tau, explica Bragstad.
– Ele nu sunt toate suta la suta identice, pentru ca se intampla mici erori cand virusul se auto-copiaza. Acestea pot fi ne-periculoase si se intampla tot timpul. Dar uneori, se intampla astfel de erori in zone specifice, care pot influenta contagiozitatea virusului sau daca acesta poate evita imunitatea.
Virusul este, de asemenea, „presat” sa faca el insusi astfel de modificari, pentru a evita imunitatea si pentru a putea infecta mai deparee, explica Bragstad.
– Noi numim acest lucru „presiune de selectie”.
Bragstad deschide un fisier compus din mai multe diagrame circulare. Ele reprezinta toate cazurile de omicron depistate in Norvegia.
– Toate aceste secvente de genom sunt puse impreuna in analize unde virusii se grupeaza in functie de cat sunt de asemanatori sunt intre ei. Atunci putem vedea, de exemplu, cum se grupeaza virusii din Norvegia laolalta.
– Cele mai multea cazuri pe care le-am avut in Norvegia, au venit in urma acelei petreceri de craciun – sau prin noi importuri ale exact aceleiasi subgrupe de virus.
Subgrupa specifica este si varianta dominanta in epidemia norvegiana de omicron.
FHI lucreaza acum la a descoperi daca introduceri separate cu exact acelasi virus ar fi putut avea loc in jurul aceluiasi moment in timp, odata cu petrecerea de craciun, la sfarsitul lui noeimbrie. Deocamdata datele sunt destul de limitate.
– Apoi au apurut asa numiti „clusteri” cu alte sub-grupe de omicron. Avem focarul de infectie de la Lysebu, care este un cu totul alt virus decat cel de la petrecerea de craciun. Si cazurile din Rogaland, care sunt importuri noi, ale unui alt tip de omicron. Cazurile din Rogaland au o mutatie in plus.
Virusurile sunt cultivate in laboratorul de siguranta si sunt folosite pentru a investiga mai departe proprietatile virusului.
– De exemplu, daca un virus are unele avantaje clare in ce priveste cresterea diseminarii in raport cu altul, sau daca anticorpi sau infectare anterioara sau vaccin au un efect de protectie impotriva virusului. Acest lucru este , in special, important cand apar variante noi – ca acum, de exemplu, cu omicron si cu sub-grupa BA.2 a lui omicron, care se pare sa aiba un avantaj in ce priveste diseminarea, fata de omicron.
Sot, tata, pedagog social, contributor si traducator
